欧文的父亲冤死监狱，为了帮父亲洗清莫须有的罪名，欧文决定接收门罗的帮助。门罗精通计算机，他可以借助Animus，一种仪器来让欧文探索深藏在他的DNA中的基因记忆。在一次模拟过程中，欧文发现了失传已久的圣物（Trident of Eden）的踪迹。这个消息也让两个神秘组织闻风而来。欧文只有先找到这个圣物才能有一线生机。在门罗的指导下，欧文和他的朋友进入他们共有的基因记忆：1863年，美国内战最激烈的时候发生的征兵骚乱。欧文和他的同伴们将面临严峻的考验，他们在过去的一举一动都将会对未来产生巨大的影响……
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