都立赤舎高校。昼休み直後の授業中、突如として巨大な黒雲に包まれた。まるで生き物のようにうねり絡まり流れる黒い雲は、赤舎高校を外界から完全に孤立させていた。偶然体育館に集まった五人の生徒―リーダー・国彦、眠り男・傑、予測不能少女・灯奈、地上最強の妹・あきら、妹の腰巾着・陽太―は、この巨大雲の発生源を見つけ破壊するよう教師の九条から依頼を受ける。このまま放置していると時空衝突が起こり、赤舎市は消滅するというのだ。半信半疑ながらも、意を決し、五人は不気味な黒雲の中へと突入するのだった…。
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