みなと署落とし物係　秘密捜査官危険な二人 日剧

詐欺まがいの商法で巨万の富を得たまま、姿を消していたエコノミスト・京極龍園（佐野史郎）が、復活を銘打った講演の最中に倒れ、死亡した。
翌日、みなと署の星野翔（遠藤憲一）ら刑事課の刑事全員が集められ、極秘任務が与えられた。京極の講演会場にいたのを最後に、行方不明となった捜査一課の刑事・古室（桐山漣）を捜せというものだった。その理由を明かさぬ本部からの命令に、星野は違和感を覚える。

同じみなと署の落とし物係に、元捜査一課の頭脳派刑事・里崎直美（浅野ゆう子）がいた。正義感が強く、署内一のプロファイラーとして将来を嘱望されていたが、組織に背いて警察内部の犯罪に迫ろうとして課長と衝突し、１年前に落とし物係に配転されたのだった。
里崎は星野の亡くなった妻の姉で、１０歳の息子・進（鈴木福）と２人暮らしの男所帯を気遣い、何かと進の面倒を見に来ていた。が、星野にとってはありがた迷惑。頭脳派と行動派、性格も水と油のごとくソリが合わない二人だからだ。
その里崎が元上司で警視庁の警務部長・西郷（高橋英樹）に呼び出された。失踪した古室刑事は里崎の元部下で、警視庁刑事部が秘かに古室を捜していることを知った西郷は、京極事件の裏に巨大な闇があるのを感じ、警視庁の捜査員・塚本亜希子という偽名で捜査を行なうよう、里崎を秘密捜査官に任命する。こうして、はからずも里崎は星野と同じ事件を追うことに。
たった一人で捜査を開始した里崎は、変装して京極が講演した会館の担当者・津野田（石橋保）を訪ねるが、その姿を星野に目撃されてしまう。そんな時、古室が長峰（隈本晃俊）という男の殺害事件現場の防犯カメラに映っていたという情報を得る。現場を訪ねた里崎は、暴走してきた車に轢かれそうになるが、間一髪、星野に助けられる。特命捜査が危険を伴うと感じた星野は、対立しつつも、里崎に協力を申し出る。
現場主義の星野は、京極が亡くなった時に傍にいた、司会の大村エリ（森尾由美）、薬剤師の名高（曽我廼家文童）、撮影担当のカメラマン・多田（内場勝則）を訪ね、当時の状況を聞いていく。一方、里崎は京極の死体検案書から、内ポケットから泥のついた旧一万円紙幣が出てきたこと、体内からある成分が検出されたことに引っかかる。
里崎に頼まれ、古室の部屋を捜査した星野は、部屋の中から古室の出身地・奈良の加里屋町にまつわるものを発見し、古室の故郷へ向かう。そこには古室と京極、さらに殺された長峰との接点が！ ２０年前、京極に騙され、町にあった小さな商店街が消滅したという事件があった…。