西暦2043年、第2次以降の超長距離移民船団の中核となるメガロード級同型艦「オーディーンIV」。護衛艦隊とともに処女航海へと出たが、その帰途に何者かの工作によるフォールド・システムの暴走によりやむなく座標計算を行う間も無く緊急避難的にフォールドを行うが、当初の航路からは26光年も離れた座標にデ・フォールドしてしまい、当初の移民の目的を中止し、地球への帰還を目指す。護衛艦隊ともはぐれ、途中ゼントラーディ軍の攻撃や、反統合軍分子のテロ攻撃に遭いながら、艦内の民間人防衛のためにも、艦長は卒業試験を控えた軍の訓練生をも非常召集して出撃させなければならなくなった。SDF-1初代マクロス艦が同種の事故で冥王星宙域から地球への帰還航路に着いた年から33年目、オーディンIVは再び苦難の旅路に就く。
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