3Dフライトシューティング。発売元はバンダイだが、SEGA-AM2（現セガ）のエアロダンシング4開発チームが参加している。プレイヤー（主人公）が序盤の選択肢で、攻撃空母プロメテウスか宇宙空母アームドのどちらに配属を希望するかで、テレビ版と劇場版のストーリーに分岐するシステム。使用するVF-1各型も、テレビ版と劇場版の設定がある。原作アニメの一条輝を主役とした視点とは異なり、プレイヤーはサイドストーリー的な視点で同じ世界を体感する。主人公はスカル隊のバルキリーパイロットとしてスタートし、のちに「パープル小隊」（テレビ版ルート）あるいは「アポロ小隊」（劇場版ルート）を任され、ふたりの部下を率いることとなる。パーブル小隊、アポロ小隊ともに各作品劇中に名称が登場する部隊であるが、本作品で初めて詳細が語られることとなった。加えて、アニメ本編中で輝たちが不在だったころのマクロスの様子も、視点を他のバルキリー隊に変えることによって描かれている。
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