南半球が人の立ち入れぬ“禁断大陸”と呼ばれるようになって五百年。人類初の渡航に成功し、調査船団『パンドラ』が帰ってきた。しかし、それは人類にとって“絶望”の始まりだった。圧倒的な力で人類を蹂躙し始める禁断大陸から運ばれてきた『新生物』。パンドラの船長の娘ナユタも襲われるが、それを救ったのはダーウィン機関に所属する謎の少年セン! センは「新生物は北半球も禁断大陸にしようとしている。それに対抗できるのはダーウィン機関だけだ」と世界の真実をナユタに告げるのだった。人類対新生物、生き残るのは――!?
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