有日语大佬帮忙解释一下吗？为什么这部作品很多敬语都不像以往看的动画一样用第三声而是都第一声，是有什么讲究吗？

关西腔吧

因为是方言啊。
整部片基本都是京都方言。你不觉得不只有敬语，所有词的语调都「不对劲」么？

用汉语声调去对应不太合适，汉语的声调是有调值的，而日语是音高重音，只有高低之分而没有具体的调值。
普通话四个调用五度标调法，调值分别是55、35、214、51。用它去套日语反而给整复杂了。

「ありがとう」用日语的分类是叫「起伏式中高型」的第二小类，只有第二拍（日语不用「音节」而说「音拍」）是高音，即「低高低低低」。
「ございます」是起伏式中高型第四小类，「低高高高低」。
当然，不同书的分类方法多少有出入，我这是看的三省堂大辞林。

以上是标准语的重音，即「東京式アクセント」。本片里的京都方言是与其相对的另一大类，「京阪式アクセント」。

京阪式重音的「ありがとう」是「低低低高低」，但加上「ございます」就变了，「ありがとうございます」是「低高低低低 低高高高高」（大阪话。京都的我没仔细注意）。

本季在播的《夏日重现》全程和歌山方言，也是京阪式重音。

京都、大阪、兵库、滋贺、奈良、和歌山，这几个地方说的话比较接近，统称「近畿方言」，即俗称的「关西腔」。

这是个大坑，对学日语的人来说也不是常识。日本人自己都要晕菜的。