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大概总结了一下故事梗概

Innovator为了拯救世界，让亨利带着GMS穿越回2012年试图执行救济计划，穿越行为本身干涉了原有世界线（穿越过来的GMS导致了都市消失，导致了芹亚家人的死）；时空管理局为了纠正这一行为派了响子和美树来，结果响子死在亨利手里。美树杀了亨利，这一连串行为导致特异点出现，世界线收束到了必然灭亡的支流。
GMS被时空管理局管制了起来，美树（熏）掌握着钥匙（控制装置），美树替竹崎挡刀而死这件事情是确实的，所以之后来的熏必然也是穿越而来。新来的熏有着旧美树的记忆，所以很干脆地跑去想跟竹崎在一起。为了讨好竹崎，掌握钥匙的熏和了解GMS的美浓合作，利用GMS搞出了剧场系统TMS，试图帮助竹崎完成梦想。
不过竹崎显然没认出来熏就是美树，于是也做不到回应熏的感情。竹崎对美树的思念让他走偏了道路，变成了技术小偷（动画这部分没怎么交代，但是既然美浓也是Innovator派来的人，很有可能是监守自盗）。这种妄想在动画剧情里又被亨利的人格数据利用，变成了救济行动的推动力。
最终救济行动启动了，亨利控制了三人组让他们复现特异点处她、美树和响子的剧情，事后来看这一点实际上不影响救济行动本身，其实就是让她们决定世界线的收束方向。结果芹亚修尔克附体创造了没有神的世界，Innovator和Gatzer都消失了，自然也就没有了2012年的穿越事件，世界恢复了正常。
至于动画里的doll应该是被Innovator带过来的备用品，在被芹亚激活之前相当于沉睡状态，激活之后其实就是亨利的代行者。她有着一些美树的人格，这点导致了一些叙述性诡计的出现，不过总体来说她在激活之后的行为是非常明确的，在Alice先后控制芹亚和爱理冲突从而拿到主役位置，吸引足够人气之后脑控竹崎，借熏之后假死换阵营，最终把竹崎导向救济计划。